Lieu : France
Date : 2016-2017
Parties prenantes : Université de Montpellier, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, Groupe NAturaliste de l’Université de Montpellier, ANTAREA
Sujet
Le projet Barcoding comprenait deux sous projets. Le projet PMP (Piège Malaise Puéchabon) ayant pour objectif de caractériser la diversité de l’entomofaune de la forêt de Puéchabon (34150) en combinant un échantillonnage continu de l’entomofaune sur une période de un an (à l’aide d’un piège malaise) et le barcoding ADN. Le second projet ADN barcoding des fourmis de Méditerranée consisté à utiliser leur code-barres génétique (COI) au niveau intraspécifique pour proposer d’éventuels cas d’endémisme chez des taxons peu étudiés.
Piège Malaise Puéchabon :
Le projet PMP (Piège Malaise Puéchabon) s’insère dans le Global Malaise Trap Program (GMP) coordonné par Paul Hebert de l’Université de Guelph. GMP est un projet international de collaboration entre le Biodiversity Institute of Ontario (Canada) et des contributeurs internationaux. Le projet a pour objectif de participer à la campagne d’échantillonnage du GMP en positionnant un piège dans un écosystème typique de la région ouest-méditerranéenne (la forêt de chêne vert). Pour ce faire, un piège malaise a été placé sur la commune de Puéchabon (34150) en avril 2016 afin de récolter des insectes de manière autonome jusqu’en septembre 2017. Le piège fonctionne en continu et intercepte les arthropodes pénétrant dans son ouverture en les acheminant vers un pot collecteur contenant de l’éthanol absolu. Le pot collecteur est relevé une fois par semaine pendant une période supérieur à un an, ce qui permet d’obtenir des données sur les cycles saisonniers des communautés d’arthropodes échantillonnées.
Un atelier hebdomadaire a été mis en place fin 2016. Cet atelier a pour objectif de mobiliser un ensemble d’étudiants pour l’identification et le conditionnement des échantillons du piège malaise. Les échantillons ont été triés et identifiés à un niveau taxonomique grossier (l’ordre, à l’exception de certains groupes spécifiques pour lesquels des identifications plus précises ont été obtenues), conditionnés individuellement dans des tubes ou montés pour intégrer la collection de référence de l’Université de Montpellier, et un fragment de tissu (généralement un morceau de patte) a été prélevé sur chacun d’entres eux. Ces échantillons de tissus ont ensuite été envoyés au Biodiversity Institute of Ontario pour le séquençage des codes-barres ADN. Parallèlement à ce travail, chaque spécimen est photographié individuellement et l’ensemble des données de collecte (date, lieu, coordonnées GPS, etc) et des informations relatives au spécimen (identification taxonomique, stade de développement, sexe, etc) sont saisies dans un fichier qui est ensuite transféré sur la base de données Barcode of Life Data System (BOLD). Les codes-barres ADN, une fois produits par le laboratoire, intégreront également cette base de donnée.
Données
Univ Montpellier / GNUM Barcoding campaign:
https://v3.boldsystems.org/index.php/MAS_Management_OpenProject?code=MTPBC
ADN barcoding des fourmis de Méditerranée :
La Corse montre un fort taux d’endémisme (forte proportion d’espèces propres à ce territoire) en raison de son isolement géographique. L’idée est donc d’utiliser un code-barres génétique au niveau intraspécifique pour proposer d’éventuels cas d’endémisme chez des taxons peu étudiés de ce point de vue. Le projet a un objectif pédagogique (familiariser les étudiants avec le code-barres génétique) et scientifique (contribuer à la connaissance de la biodiversité corse). Les premières espèces qui ont été étudiées sont les fourmis. Différents échantillons ont été récupérés à différentes localisation pour étudier ce taxon d’insectes. Il y a deux espèces de fourmis qui tendent à diverger selon leur répartition et comportement, d’où l’intérêt de l’étude.
Le projet “Ants from French Mediterranean Biome” à bien été créé sur la base de données « BOLDSYSTEMS » et toute les données sont en libre accès avec photo, séquence et coordonnée GPS.
Données :
Barcoding of biodiversity from French Mediterranean biome:
https://v3.boldsystems.org/index.php/MAS_Management_OpenProject?code=ANFMB
Publication scientifique :
Blatrix, R., Aubert, C., Decaëns, T., Berquier, C., Andrei-Ruiz, M.-C., and Galkowski, C. (2020). Contribution of a DNA barcode to an assessment of the specificity of ant taxa (Hymenoptera: Formicidae) on Corsica. Eur. J. Entomol., 10.
Galkowski, C., Aubert, C., and Blatrix, R. (2019). Aphaenogaster ichnusa Santschi, 1925, bona species, and Redescription of Aphaenogaster subterranea (Latreille, 1798) (Hymenoptera, Formicidae). Sociobiology 66, 420–425.
Poster Congrès Ecolo’Tech :
Aubert, C., Blatrix, R., and Decaëns, T. (2016) Code-barres génétique, taxonomie et endémisme corse.
